Installé dans un hôtel particulier du XIXe siècle, le musée est consacré à l'œuvre de Jean-Jacques Henner (1829-1905). Ses collections retracent, de son Alsace natale à Paris où il a fait carrière, en passant par la Villa Médicis où il a séjourné suite à son Prix de Rome, l’itinéraire d’un artiste qui, au début du XXe siècle, était considéré comme un des plus importants de son temps. Grâce aux nombreuses œuvres provenant de l'atelier de Henner, il permet de comprendre comment travaillait un peintre « officiel » à l'époque de l'impressionnisme.

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Le musée Henner est actuellement en travaux jusqu'en mars 2016. La rénovation va permettre la réhabilitation de l’accueil et l'ouverture au public de nouveaux espaces : le salon aux colonnes et le jardin d’hiver, avec la construction d’une nouvelle verrière. Sont également en cours de construction les réserves et l’atelier technique.

En décembre 2001, la découverte de la mosaïque d'origine du musée, demeurée intacte sous la chappe de béton du jardin d’hiver, va déterminer les nouvelles orientations architecturales du musée...

Le musée de Göteborg en Suède organise à l'automne 2015 une exposition sur le peintre symboliste Olof Sager-Nelson (1868-1896) et ses contemporains, pour laquelle le musée prête deux portraits de Henner : La Religieuse (Portrait de Germaine Dawis), restaurée à cette occasion, et La comtesse Kessler.